Скорей всего (судя по описанию) загрузчик второй системы установился на раздел с первой системой и теперь если раздел с первой системой отформатировать, то вторая ХР перестанет загружаться. Если раздел со второй ХР первичный (основной), то можно "положить" на его файлы загрузки второй ХР, затем сделать этот раздел активным. После этого вторая ХР будет загружаться со своего раздела и тогда с первой ХР и её разделом можно будет делать всё, что угодно.