Во первых Вы должны понимать, если Вы с флешки удалили вирус, а он снова там появляется, то это значит что вирус находится в системе т.е. в вашем компьютере! И поэтому перед тем как чистить флешку, нужно знать, а не заражен ли компьютер, и если да, то лечить сначала компьютер, а уж потом флэш накопитель! Ну как лечить компьютер от вирусов это отдельная статья зависящая от типа вируса, мы все же отталкиваемся от того что компьютер чист, а вот на флешке сидит злобный вирусяга

(имеется в виду вирус который для своего запуска с флеш накопителя использует файл Autorun.inf Кстатии Virus.Win32.Sality.aa или Sektor 17 для своего запуска с флешки, использует именно этот файл запуска)
Autorun.inf — файл, используемый для автоматического запуска приложений и программ на носителях информации в среде операционной системы Microsoft Windows (начиная с версии Windows 95). Этот файл должен находится в корне устройства для которого осуществляется автозапуск. Файл делится на структурные элементы — блоки.
Сам по себе файл запуска Autorun.inf это не вирус, как многие думают

если коротко то это файл запуска приложений (программ) который помещается в корень раздела жесткого диска или в корень флеш накопителя. В этом файле запуска можно прописать или просмотреть путь запуска программы.
В этом файле запуска содержатся инструкции запуска программы. Вот так примерно выглядят инструкции запуска ЛЮБОЙ программы с помощью Autorun.inf
open=Notepad.exe
shell\open=Открыть
shell\explore=Проводник
shell\open\Command=Notepad.exe
shell\open\Default=1
shell\explore\Command=Notepad.exe
Вирусы правда используют немного другой код, при котором, и раздел диска открывается или флешка, и вирус запускается. Теперь что б удалить наше художество, нужно с помощью проводника, зайти и удалить файл Autorun.inf и обязательно перезагрузить компьютер, только после этого Вы сможете снова нормально зайти на свой диск

Если Вы удалите Autorun.inf но не перезагрузите компьютер, то зайти Вы все равно не сможете, так как система будет запрашивать файл запуска блокнота.
Вот по какому принципу работают вирусы типа Autoruner (флеш вирусы) На зараженной флешке при ее открытии, запускается вирус, посредством его запуска через файл запуска Autorun.inf, после этого копируется файл запуска вируса Autorun.inf в корень на разделы жесткого диска, и присоедененные флеш накопители. Само тело вируса и его компоненты копируются в систему, разделы жесткого диска, и флеш накопители.
Таким образом заражается система.
Многие вирусы любят создавать на флэш накопителе папку RECYCLER, Recycled, System Volume Information, temp. И они также скрыты. Да, это названия системных папок, которые находятся в корне локальных дисков компьютера, но на флэшке их нет!!! и быть не должно в принципе!!! Папки с таким названием создаются системой на локальных дисках компьютера, но не на флэш накопителях!!! Если вы видите на флэшке названия таких папок, то знайте, ее создал вирус!!! И ее необходимо удалить!!!
Если Вы видите в корне флеш накопителя файл под названием Autorun.inf и Вы точно знаете что его на флешку не помещали, то знайте это файл запуска вируса, и его создал вирус. Небойтесь! откройте его простым блокнотом, и в нем Вы сможете просмотреть путь
запуска и имя вируса.