При установке ос linux в нулевом секторе переписывается mbr, Винчестер разбивается на несколько разделов, необходимых для работы ос, затем происходит запись своего загрузчика (grub или lilo) в выбранный раздел. Есть различные способы разбиения диска, в том числе и ручной. Кто вам мешает им воспользоваться? При разбиении диска есть возможность сначала удалить старые разделы. Должен вам сказать, что программа разбиения диска может потребовать от вас адреса начального и конечного секторов для каждого раздела (зависит от версии).
Если вы желаете изменить способ и порядок загрузки установленных ОС, отредактируйте conf вашего загрузчика.
Для восстановления ntldr и boot.ini вам нужно переписать mbr командой FIXMBR и активировать загрузчик раздела командой FIXBOOT, команды нужно подавать из консоли восстановления. GRUB вы этим не удалите, а просто активируете другой способ загрузки.