Если с такой флешки ставить, то проблем с ОС на жд не должно быть. Загрузчик "нашим и вашим" в нулевом секторе флешки, а не там же на жд, на который ставится.а в случай проблемы с ос?
Или я не понял.
Какой ОС? 7-8? Диск восстановления системы + образ диска из "средств восстановления системы".

