Если один раздел имеет FAT32, а другой NTFS.
Ecли размер кластера на одном разделе имеет 512 байт, а на другом 4096 например.
---------
Попробуй посмотреть как отобажаются разделы в Windows.
Можешь попробовать изменить размеры средствами Windows или другой программой.
---------
Я сам пользуюсь Acronis-ом и всегда все нормально работает.
Я все таки думаю, что если с винчестером все нормально, то что-то не так делаешь
Я же просил написать как ты это делаешь, напиши подробно если не сложно.